Pembalap Ducati, Andrea Dovizioso merebut posisi pole pertamanya di MotoGP sejak pole di Malaysia 2016, mengalahkan Marc Marquez pada lap terakhir yang sebelumnya telah dikalahkan Valentino Rossi juga pada lap terakhir.
Marquez adalah pembalap pertama yang meraih waktu di bawah 1’55 dengan catatan 1’54.961 pada Q2 dan tampaknya tak ada pembalap lain yang mampu menyaingi catatan waktu tersebut namun Dovizioso melibasnya saat lap terakhir, dengan menggunakan paket aero baru dan sasis karbon, dengan kombinasi ban hard / soft baru dan catatan waktu tersebut mendekati rekor sirkuit dengan 1’54.689.
Rossi hanya mampu mencatat waktu di bawah Dovizoso dan itu cukup bagi Rossi untuk mengamankan posisi kedua dengan waktu 1’54,956. Marquez melengkapi barisan depan sementara itu Jorge Lorenzo berada di baris kedua. Berikut hasil lengkap kualifikasi MotoGP Brno 2018:
| Pos | # | Rider | Bike | Time | Gap |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 4 | Andrea Dovizioso | Ducati | 1’54.689 | |
| 2 | 46 | Valentino Rossi | Yamaha | 1’54.956 | 0.267 |
| 3 | 93 | Marc Marquez | Honda | 1’54.961 | 0.272 |
| 4 | 99 | Jorge Lorenzo | Ducati | 1’55.038 | 0.349 |
| 5 | 35 | Cal Crutchlow | Honda | 1’55.055 | 0.366 |
| 6 | 9 | Danilo Petrucci | Ducati | 1’55.203 | 0.514 |
| 7 | 5 | Johann Zarco | Yamaha | 1’55.221 | 0.532 |
| 8 | 29 | Andrea Iannone | Suzuki | 1’55.270 | 0.581 |
| 9 | 42 | Alex Rins | Suzuki | 1’55.431 | 0.742 |
| 10 | 26 | Dani Pedrosa | Honda | 1’55.474 | 0.785 |
| 11 | 53 | Tito Rabat | Ducati | 1’55.686 | 0.997 |
| 12 | 25 | Maverick Viñales | Yamaha | 1’55.823 | 1.134 |
| 13 | 21 | Franco Morbidelli | Honda | 1’56.029 | 1.340 |
| 14 | 19 | Alvaro Bautista | Ducati | 1’56.031 | 1.342 |
| 15 | 38 | Bradley Smith | KTM | 1’56.218 | 1.529 |
| 16 | 55 | Hafizh Syahrin | Yamaha | 1’56.285 | 1.596 |
| 17 | 43 | Jack Miller | Ducati | 1’56.316 | 1.627 |
| 18 | 6 | Stefan Bradl | Honda | 1’56.330 | 1.641 |
| 19 | 44 | Pol Espargaro | KTM | 1’56.353 | 1.664 |
| 20 | 30 | Takaaki Nakagami | Honda | 1’56.512 | 1.823 |
| 21 | 50 | Sylvain Guintoli | Suzuki | 1’57.037 | 2.348 |
| 22 | 12 | Thomas Luthi | Honda | 1’57.208 | 2.519 |
| 23 | 17 | Karel Abraham | Ducati | 1’57.217 | 2.528 |
| 24 | 41 | Aleix Espargaro | Aprilia | 1’57.250 | 2.561 |
| 25 | 45 | Scott Redding | Aprilia | 1’57.438 | 2.749 |
| 26 | 10 | Xavier Simeon | Ducati | 1’58.048 | 3.359 |
