“Maverick Vinales menjadi yang tercepat di sesi latihan kedua dengan Brad Binder mencetak putaran tercepat hari itu.”
Setelah menyelesaikan posisi ketujuh dalam Latihan Bebas 1, Maverick Vinales menjadi yang tercepat di Latihan Bebas 2 di Motegi. Vinales mampu mengulangi waktu tercepatnya di pagi hari sebelum Brad Binder mencatat waktu lap paling cepat sepanjang hari dengan 1:45.060s. Kemudian, Jorge Martin melampaui waktu tercepat itu dengan mencetak waktu di bawah 1 menit 44 detik.
Martin bahkan mampu meningkatkan waktu lapnya lebih cepat lagi, menjauhkan dirinya dari Binder. Di posisi yang jauh di belakang, Bagnaia terlihat memperhatikan ban belakang motornya setelah kembali ke pit lane, dan kemudian mengungkapkan kefrustrasiannya di garasi.
Setelah kembali beraksi, Bagnaia berhasil naik dari posisi ke-19 ke posisi 11 dalam lap cepat pertamanya. Namun, Raul Fernandez menjadi pembalap pertama yang mengalami kecelakaan setelah kehilangan pegangan depan di tikungan kesepuluh.
Sementara Bagnaia terus menunjukkan peningkatan performa, pembalap Ducati lainnya, Fabio Di Giannantonio, juga berhasil mencetak waktu ketiga tercepat di belakang Martin dan Binder. Di Giannantonio kemudian digeser ke posisi keempat oleh Miguel Oliveira yang melaju ke posisi kedua. Pembalap Aprilia RNF ini cepat beralih ke ban belakang lunak, dan hal yang sama juga dilakukan oleh Di Giannantonio.
Oliveira meningkatkan waktu lap keduanya dengan mengungguli Martin dengan selisih lebih dari dua per sepuluh detik, sebelum Fabio Quartararo menduduki posisi kedua. Setelah Joan Mir tampil kuat di Latihan Bebas 1, saatnya teammate-nya, Marc Marquez, menunjukkan kecepatannya dengan bergabung bersama Quartararo dalam memperkecil selisih dengan Oliveira.
Aleix Espargaro menjadi pembalap berikutnya yang memasuki persaingan dengan mencatat waktu lap keempat tercepat dalam lap cepat pertamanya. Pembalap Aprilia ini bahkan menjadi yang tercepat dengan selisih lebih dari satu per sepuluh detik.
Sementara posisi teratas berganti tangan lagi ketika Binder menjadi yang tercepat, Quartararo mengalami kecelakaan besar di tikungan enam. Saat melewati tikungan, Quartararo terjatuh ketika hendak membelokkan M1-nya ke kanan.
Di Giannantonio kemudian mencatat waktu lap yang mengesankan dan hampir menyamai rekor lap sepanjang masa yang dibuat oleh Jorge Lorenzo. Meski ada bendera kuning karena Fernandez mengalami kecelakaan kedua dalam sesi tersebut, Binder berhasil mencatat waktu lap tercepat yang baru dan menggeser A. Espargaro dari posisi teratas.
Rider KTM ini unggul tiga per sepuluh detik dari A. Espargaro yang sempat menjadi yang tercepat sesaat.